Αν και η έκδοση των εκκαθαριστικών του ΕΝΦΙΑ θα πρέπει να έχει ολοκληρωθεί μέχρι την Τετάρτη 18 Ιουνίου, ωστόσο σε ορισμένες περιπτώσεις ακινήτων εμφανίστηκαν προβλήματα, αφού υπάρχει αδυναμία προσδιορισμού του χρόνου αποκτήσεως του ακινήτου με αποτέλεσμα δεν επιτρέπει τον υπολογισμό του νέου φόρου ακινήτων.
Το πρόβλημα προκύπτει για τα ακίνητα του 19ου αιώνα, αλλά και για τα ακίνητα προ του 1940 και ειδικά σε περιπτώσεις που δεν υπάρχει οικοδομική άδεια για το ακίνητο.
Όταν ολοκληρωθεί η εκκαθάριση του ΕΝΦΙΑ θα αποσταλούν e-mail στους υπόχρεους προκειμένου να ξεκινήσει η πληρωμή του φόρου.
Εάν η εκκαθάριση ''πάει πίσω'' υπάρχει ο κίνδυνος οι προβλεπόμενες από το νόμο έξι δόσεις καταβολής του ΕΝΦΙΑ να γίνουν πέντε δυσχεραίνοντας επιπρόσθετα τους φορολογουμένους.
Σημειώνεται πως ο ΕΝΦΙΑ επιβάλλεται σε όλα τα ακίνητα ανεξαρτήτως αν πρόκειται για κτίσματα (σπίτια, καταστήματα κλπ) ή για εδαφικές επιφάνειες (οικόπεδα, χωράφια, βοσκοτόπια κλπ) εντός ή εκτός σχεδίου.