Σύμφωνα με την απόφαση Καμμένου η ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. αποτελεί υπηρεσία του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας, η οποία λειτουργεί ως οργανωτική μονάδα επιπέδου διεύθυνσης και υπάγεται απευθείας στον Υπουργό Εθνικής Άμυνας ενώ έρα της, ορίζεται η Περιφερειακή Ενότητα Αττικής.
Η ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. διαρθρώνεται για την εκπλήρωση της αποστολής της στα ακόλουθα τμήματα:
α) Τμήμα Ανάπτυξης και Αξιολόγησης. β) Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών και Διοικητικής Υποστήριξης. γ) Τμήμα Νομικής Υποστήριξης. δ) Γραμματεία.
Στο πλαίσιο λειτουργίας της ΥΠ.Α.Α.ΠΕΔ:
Το Τμήμα Ανάπτυξης και Αξιολόγησης: αα) Επιλέγει από τις ενημερωμένες καταστάσεις με τα ακίνητα των Ταμείων (Τ.ΕΘ.Α, Τ.Ε.Σ., Τ.Α.Α., Μ.Τ.Σ., Μ.Τ.Ν. και Μ.Τ.Α) που τηρούνται στο Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών και Διοικητικής Υποστήριξης, τα ακίνητα προς αξιοποίηση.
- Εκπονεί οικονομοτεχνικές και λοιπές αναγκαίες μελέτες που αφορούν στα προς αξιοποίηση ακίνητα και εισηγείται στον διευθυντή της ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. την ανάληψη εκ μέρους του ενεργειών για την έκδοση κοινής υπουργικής απόφασης (ΚΥΑ) της παρ. 3 του άρθρου 15 του Ν. 4407/2006.
- Εισηγείται, σε συνεργασία με το Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών και Διοικητικής Υποστήριξης και το Τμήμα Νομικής Υποστήριξης, στο Διευθυντή της ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ., την επιλογή κάθε ακινήτου για αξιοποίηση, τον καθορισμό του ειδικότερου τρόπου της αξιοποίησης, τη χρήση του ακινήτου, την τιμή εκκίνησης του ετησίου ανταλλάγματος και την αποτίμηση σε χρήμα της ετήσιας αντιπαροχής, το ποσό της εγγυητικής επιστολής, τα χρονικά ορόσημα και τις φάσεις της διαγωνιστικής διαδικασίας, την υποχρεωτική ελάχιστη επαύξηση της προσφοράς των συμμετεχόντων, τα απαιτούμενα δικαιολογητικά και προϋποθέσεις συμμετοχής, τους λοιπούς όρους της διακήρυξης, και κάθε συναφές θέμα που αφορά στη διακήρυξη.
- Μεριμνά για την ορθή διεξαγωγή του ηλεκτρονικού πλειοδοτικού διαγωνισμού.
- Εισηγείται στο Διευθυντή της ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. το πέρας του ηλεκτρονικού πλειοδοτικού διαγωνισμού.
Το Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών και Διοικητικής Υποστήριξης:
- Παραλαμβάνει και τηρεί ενημερωμένες καταστάσεις με τα ακίνητα των Ταμείων.
- Συντάσσει, σε συνεργασία με το Τμήμα Νομικής Υποστήριξης, την διακήρυξη και το σχέδιο σύμβασης που περιλαμβάνονται στην σχετιή εισήγηση.
- Παρακολουθεί την εξέλιξη των διαδικασιών αξιοποίησης κατά το στάδιο σύναψης των συμβάσεων από τα Ταμεία, καθώς και μετά από αυτό. Τα Ταμεία υποχρεούνται να παρέχουν αμελλητί τα αιτούμενα στοιχεία, προκειμένου να συντάσσονται, από το Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών και Διοικητικής Υποστήριξης, ενημερωτικά σημειώματα προς τον Υπουργό Εθνικής Άμυνας.
- Παραλαμβάνει την εγγύηση των υποψηφίων. Στην περίπτωση που ο πλειοδότης δεν επαυξήσει την εγγύηση ή δεν προσέλθει εντός της ταχθείσας προθεσμίας για την υπογραφή της σύμβασης, καλεί τον επόμενο στη σειρά πλειοδοσίας.
- Ελέγχει τα υποβληθέντα δικαιολογητικά, όπως αυτά ορίζονται στην εκάστοτε διακήρυξη.
Το Τμήμα Νομικής Υποστήριξης:
- Γνωμοδοτεί επί ερωτημάτων των λοιπών τμημάτων, τα οποία υποβάλλονται γραπτώς δια της Γραμματείας της ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ..
- Προβαίνει σε νομικό έλεγχο των τίτλων των ακινήτων προς αξιοποίηση, καθώς και κάθε στοιχείου που σχετίζεται με τη νομική ταυτότητα-κατάσταση αυτών.
- Προβαίνει σε νομικό έλεγχο του σχεδίου διακήρυξης και του σχεδίου σύμβασης που περιλαμβάνονται στην εισήγηση
Η Γραμματεία:
- Τηρεί πρωτόκολλο της Υπηρεσίας και την Ημερήσια Διαταγή της Υπηρεσίας.
- Διεκπεραιώνει την αλληλογραφία (αποστολή-διανομή- εσωτερική διανομή).
- Τηρεί το αρχείο σχεδίων εγγράφων και κάθε άλλο αρχείο της Υπηρεσίας.
- Χειρίζεται θέματα διοικητικής φύσης του προσωπικού που στελεχώνει την Υπηρεσία.
Στην ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. υπηρετεί μόνιμο στρατιωτικό προσωπικό των τριών Κλάδων των Ενόπλων Δυνάμεων (ΕΔ) και των Κοινών Σωμάτων, καθώς και οπλίτες που εκπληρώνουν τη στρατεύσιμη στρατιωτική τους υπηρεσία και διαθέτουν τις απαιτούμενες γνώσεις επί των αντικειμένων αρμοδιότητας της
Συνεργασία με τα Ταμεία (Τ.Ε.Θ.Α., Τ.Ε.Σ., Τ.Α.Α., Μ.Τ.Σ., Μ.Τ.Ν., Μ.Τ.Α.)
Τα Ταμεία έχουν την πάγια υποχρέωση να αποστέλλουν στην ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. το τρίτο δεκαήμερο του Ιανουαρίου και το τρίτο δεκαήμερο του Ιουνίου εκάστου έτους επικαιροποιημένες καταστάσεις με το σύνολο των ακινήτων ιδιοκτησίας τους τα οποία δεν χρησιμοποιούνται για στρατιωτικούς σκοπούς, καθώς επίσης να παρέχουν στοιχεία και διευκρινίσεις που ζητούνται από την ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. επί των υπόψη ακινήτων. Επιπλέον, κάθε φορά που αποκτάται η κυριότητα νέου ακινήτου ή λύεται καθ' οιονδήποτε τρόπο η σύμβαση αξιοποίησης υφιστάμενου ακινήτου, καθώς και σε κάθε περίπτωση που συντελείται αποκαθιέρωση ακινήτου από το στρατιωτικό του σκοπό, τα Ταμεία ενημερώνουν αμελλητί την ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. αποστέλλοντας επικαιροποιημένες καταστάσεις με την πλήρη ταυτότητα των ως άνω ακινήτων.
Η ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ ενημερώνει εγγράφως τα Ταμεία για τα ακίνητα που επιλέγει προς αξιοποίηση.
Για τη διενέργεια του ηλεκτρονικού πλειοδοτικού διαγωνισμού η ΥΠ.Α.Α.Π.Ε.Δ. δύναται να χρησιμοποιεί υπάρχοντες κατάλληλους ιστότοπους ηλεκτρονικών διαγωνισμών του δημοσίου και ευρύτερου δημοσίου τομέα, κατόπιν συμφωνίας με τους οικείους φορείς ή να δημιουργεί τον δικό της κατάλληλο ιστότοπο ηλεκτρονικών διαγωνισμών.