Οι στρατηγικοί στόχοι καθορίζονται σύμφωνα με την απόφαση λόγω της ανάγκη για αποτελεσματικότερη λειτουργία των υπηρεσιών του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου και την ανταπόκριση του ανθρώπινου δυναμικού στις σύγχρονες ανάγκες και τα νέα πρότυπα διοίκησης.
Το υπουργείο Ναυτιλίας καθορίζει με απόφαση του υπουργού κ Βαρβιτσιώτη τους στρατηγικούς στόχους του Υπουργείου Ναυτιλίας και Αιγαίου για το έτος 2014,ως ακολούθως:
Αναμόρφωση της οργάνωσης των Υπηρεσιών του ΥΝΑ μέσω:
- της αναδιάρθρωσης των διοικητικών δομών σε κεντρικό και περιφερειακό επίπεδο ,
- της αναδιάρθρωσης του θεσμικού πλαισίου για το προσωπικό ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ και των συναφών με την εφαρμογή του λειτουργικών διαδικασιών,
- της ορθολογικής αξιοποίησης του ανθρώπινου δυναμικού ,
- της αναβάθμισης της εκπαίδευσης ,
- της ανάπτυξης σύγχρονων συστημάτων πληροφορικής και επικοινωνιών
- της απλούστευσης των διαδικασιών για μείωση της γραφειοκρατίας.
Ανάπτυξη της Ελληνικής Ναυτιλίας μέσω:
- της ενίσχυσης της ανταγωνιστικότητας του ελληνικού εμπορικού στόλου ,
- της βελτίωσης της παρερχομένης ναυτικής εκπαίδευσης,
- της ενίσχυσης της απασχόλησης και της βελτίωσης των συνθηκών εργασίας των Ελλήνων ναυτικών,
- της βέλτιστης διαχείρισης του ακτοπλοϊκού δικτύου
- της ανάπτυξης του θαλασσίου τουρισμού.
Αξιοποίηση της ναυτιλιακής επιχειρηματικότητας μέσω:
- της προσέλκυσης ναυτιλιακών επενδύσεων
- της ανάπτυξης βοηθητικών προς τη Ναυτιλία υπηρεσιών.
Εμπέδωση της ασφάλειας στον Έλληνα πολίτη και εξασφάλιση της ασφαλούς ναυσιπλοίας στους χώρους ευθύνης του Αρχηγείου ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ μέσω:
- της εναρμόνισης με τους διεθνείς κανόνες,
- της αποτελεσματικής προστασίας των θαλασσίων συνόρων,
- της πρόληψης και καταστολής εγκληματικών δράσεων στον χώρο αρμοδιότητας του ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ ,
- της εξασφάλισης του αξιόπλοου των Ελληνικών πλοίων σε παγκόσμιο επίπεδο καθώς και των πλοίων που διέρχονται από τον Ελληνικό θαλάσσιο χώρο,
- της προστασίας του θαλασσίου περιβάλλοντος και του ενάλιου πλούτου.
Οργάνωση, λειτουργία, ανάπτυξη και αξιοποίηση των λιμένων της χώρας και των βοηθητικών προς τους λιμένες υπηρεσιών.
Σχεδιασμός και εφαρμογή ολοκληρωμένης Ευρωπαϊκής και
Εθνικής νησιωτικής πολιτικής και στρατηγικής για την πολύπλευρη ανάπτυξη των νησιών και σχεδιασμός πλαισίου πολιτικής και προγραμμάτων στους τομείς του δομημένου φυσικού περιβάλλοντος, του ναυταθλητισμού, της διαχείρισης των υδάτων και της νησιωτικής διακυβέρνησης.
Παροχή διαβεβαίωσης περί της επάρκειας των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου του ΥΝΑ (πλην Υπηρεσιών ΛΣ-ΕΛ.ΑΚΤ) και των εποπτευομένων φορέων του και η υποβολή προτάσεων για τη λήψη μέτρων βελτίωσης των συστημάτων αυτού.