Οι εμπλεκόμενες υπηρεσίες, ωστόσο, στηριζόμενες σε έγγραφο της Ειδικής Υπηρεσίας Περιβάλλοντος (ΕΥΠΕ) του Υπουργείου Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής (ΥΠΕΚΑ),
θεωρούσαν ότι η παλαιά απόφαση διατηρείται σε ισχύ, έως την έκδοση νέας ΑΕΠΟ.
Σύμφωνα με τη νομοθεσία τα υφιστάμενα έργα που λειτουργούν δίχως περιβαλλοντικούς όρους, απαιτείται να αδειοδοτηθούν αφού πρώτα εκπονηθεί νέα Μελέτη Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων (ΜΠΕ).
Η Αρχή διαπίστωσε ότι πρόκειται για έργο με προβληματική και πλημμελή λειτουργία, διότι: α) στερείτο περιβαλλοντικών όρων, β) οι υφιστάμενες εγκαταστάσεις δεν είχαν κατασκευαστεί σύμφωνα με την αρχική μελέτη και λειτουργούσαν επί χρόνια, κατά παράβαση της αρχικής ΑΕΠΟ και γ) είχε ξεκινήσει η υλοποίηση του αγωγού διάθεσης επεξεργασμένων λυμάτων, δίχως όμως να έχει
εκπονηθεί μελέτη εξέτασης εναλλακτικών λύσεων. Η μελέτη αυτή ήταν απαραίτητη, ώστε να τεκμηριωθεί η βέλτιστη όδευση του αγωγού ιδιαίτερα στο υποθαλάσσιο τμήμα του, καθώς η περιοχή διέλευσης είναι ενταγμένη στο δίκτυο Natura 2000.
Ο Συνήγορος επεσήμανε παράλληλα τα εξής:
- Η πρακτική των αρμοδίων υπηρεσιών σχετικά με τη δυνατότητα σιωπηρής παράτασης ισχύος των περιβαλλοντικών όρων μετά τη λήξη τους, ήταν εσφαλμένη καθώς η νομοθεσία δεν προβλέπει παράταση ισχύος, ρητή ή σιωπηρή, της εν λόγω πράξης.
- Είχε παρέλθει μεγάλο χρονικό διάστημα (περίπου 20 ετών) από την έκδοση της αρχικής ΑΕΠΟ και ενδεχομένως, έχουν τροποποιηθεί τα χαρακτηριστικά της περιοχής κατασκευής του έργου, όπως και τα δεδομένα σχεδιασμού του.
- Απαιτείτο η εναρμόνιση με τη νέα νομοθεσία και οι υπηρεσίες όφειλαν να προβούν σε εκπόνηση νέας ΜΠΕ για το σύνολο του έργου.
Επίσης, ο ΣτΠ διοργάνωσε σύσκεψη φορέων στη Σύρο τον Σεπτέμβριο του 2014, όπου συζητήθηκαν όλα τα εκκρεμή ζητήματα με στόχο την επίσπευση της διαδικασίας περιβαλλοντικής αδειοδότησης.
Οι επισημάνσεις του ΣτΠ υιοθετήθηκαν πλήρως από τις αρμόδιες υπηρεσίες.
Συγκεκριμένα, η ΕΥΠΕ ανακάλεσε την άποψη περί σιωπηρής παράτασης ισχύος των περιβαλλοντικών όρων, ενώ εκπονήθηκε μελέτη εξέτασης εναλλακτικών λύσεων για την όδευση του αγωγού διάθεσης λυμάτων και νέα ΜΠΕ που αφορούσε, τόσο την αναβάθμιση των υφιστάμενων, όσο και το σχεδιασμό των υπολειπόμενων έργων.
Η διαμεσολάβηση της Αρχής ολοκληρώθηκε με την πρόσφατη έκδοση της νέας ΑΕΠΟ για το σύνολο του έργου, η οποία αποτελεί απαραίτητη προϋπόθεση για τη δυνατότητα χρηματοδότησης και υλοποίησης των έργων βελτίωσης.