Ο κ. Κόμεϊ επικρίθηκε προεκλογικά για τον τρόπο με τον οποίο χειρίστηκε το ζήτημα των e-mail της υποψήφιας των Δημοκρατικών Χίλαρι Κλίντον, καθώς πολλοί θεωρούν ότι με τον χρόνο τον οποίο επέλεγε για να δημιοποιεί στοιχεία σχετικά με την υπόθεση, διευκόλυνε την εκλογή του Ρεπουμπλικανού υποψηφίου Ντόναλντ Τραμπ στην προεδρία.
Το FBI συνεχίζει εξάλλου την έρευνα για σχέσεις ατόμων από το επιτελείο του νέου προέδρου με τη Ρωσία.