Η Γενική Γραμματεία Δημόσιων Εσόδων είχε εκδώσει διευκρινίσεις για την υποβολή εμπρόθεσμης τροποποιητικής περιοδικής δηλώσεως ΦΠΑ και είχε ξεκαθαρίσει πως στην περίπτωση που με την τροποποιητική δήλωση μειώνεται το χρεωστικό υπόλοιπο της αρχικής δηλώσεως, δεν υπάρχει υποχρέωση καταβολής του μη οφειλόμενου ποσού. Για την τακτοποίηση της διαφοράς αυτής το υπουργείο είχε πει πως θα πραγματοποιηθεί εκ των υστέρων, λαμβάνοντας υπόψη τα δεδομένα και των δύο δηλώσεων.
Έως και σήμερα όμως το θέμα του συμψηφισμού εμπρόθεσμων αρχικών και τροποποιητικών δηλώσεων ΦΠΑ, δεν έχει επιλυθεί με τον Γενικό Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων κ. Χ. Θεοχάρη να λαμβάνει τις σχετικές εισηγήσεις για τον τρόπο που θα γίνει ο συμψηφισμός μόλις την προηγούμενη Παρασκευή. Ο Γενικός Γραμματέας Δημοσίων Εσόδων κ. Χ. Θεοχάρης τόνισε μάλιστα μέσω twitter πως υπάρχουν τεχνικής φύσης θέματα που δεν μπορούν να επιλυθούν αυτόματα και χρειάζονται αποφάσεις.
Έτσι, εκατοντάδες επιχειρήσεις και ελεύθεροι επαγγελματίες αν και έχουν καταβάλει την διαφορά του φόρου εδώ και περισσότερες από 20 ημέρες εξακολουθούν να εμφανίζονται ως οφειλέτες στο Taxisnet, με αποτέλεσμα να μην μπορούν να λάβουν φορολογική ενημερότητα.